増上寺は、明徳四年（1393年）、浄土宗第八祖酉誉聖聰（ゆうよしょうそう）上人によって開かれました。

場所は武蔵国豊島郷貝塚、現在の千代田区平河町から麹町にかけての土地と伝えられています。

室町時代の開山から戦国時代にかけて、増上寺は浄土宗の東国の要として発展していきます。

安土桃山時代、徳川家康公が関東の地を治めるようになってまもなく、徳川家の菩提寺として増上寺が選ばれました（天正十八年、1590年）。家康公がときの住職源誉存応（げんよぞんのう）上人に深く帰依したため、と伝えられています。

慶長三年（1598年）には、現在の芝の地に移転。江戸幕府の成立後には、家康公の手厚い保護もあり、増上寺の寺運は大隆盛へと向かって行きました。

三解脱門（さんげだつもん）、経蔵、大殿の建立、三大蔵経の寄進などがあいつぎ、朝廷からは存応上人へ「普光観智国師」号の下賜と常紫衣（じょうしえ）の勅許もありました。

家康公は元和二年（1616年）増上寺にて葬儀を行うようにとの遺言を残し、75歳で歿しました。

増上寺には、二代秀忠公、六代家宣公、七代家継公、九代家重公、十二代家慶公、十四代家茂公の、六人の将軍の墓所がもうけられています。

墓所には各公の正室と側室の墓ももうけられていますが、その中には家茂公正室で悲劇の皇女として知られる静寛院和宮さまも含まれています。

現存する徳川将軍家墓所は、本来家宣公の墓前にあった鋳抜き（鋳造）の中門（なかもん）を入口の門とし、内部に各公の宝塔と各大名寄進の石灯籠が配置されています。

江戸時代、増上寺は徳川家の菩提寺として隆盛の極みに達しました。
全国の浄土宗の宗務を統べる総録所が置かれたのをはじめ、関東十八檀林（だんりん）の筆頭、主座をつとめるなど、京都にある浄土宗祖山・知恩院に並ぶ位置を占めました。

檀林とは僧侶養成のための修行および学問所で、当時の増上寺には、常時三千人もの修行僧がいたといわれています。

寺所有の領地（寺領）は一万余石。二十五万坪の境内には、坊中寺院四十八、学寮百数十軒が立ち並び、「寺格百万石」とうたわれています。

明治期は増上寺にとって苦難の時代となりました。明治初期には境内地が召し上げられ、一時期には新政府の命令により神官の養成機関が置かれる事態も生じました。また、明治六年（1873年）と四十二年（1909年）の二度に渡って大火に会い、大殿他貴重な堂宇が焼失しました。

しかし明治八年（1875年）には浄土宗大本山に列せられ、伊藤博文公など新たな壇越（だんのつ）（檀徒）を迎え入れて、増上寺復興の兆しも見えはじめました。

大正期には焼失した大殿の再建も成り、そのほかの堂宇の整備・復興も着々と進展していきました。

明治・大正期に行われた増上寺復興の営為を一瞬の内に無に帰したのが、昭和二十年（1945年）の空襲でした。

しかし、終戦後、昭和二十七年（1952年）には仮本堂を設置、また昭和四十六年（1971年）から四年の歳月を三十五億円の巨費を費やして、壮麗な新大殿を建立しました。

平成元年（1989年）四月には開山酉誉上人五五〇年遠忌を記念して、開山堂（慈雲閣）を再建。さらに法然上人八百年御忌を記念して平成二十一年（2009年）圓光大師堂と学寮、翌二十二年に新しく安国殿が建立されました。現在、焼失をまぬがれた三解脱門や黒門など古くからの建造物をはじめ、大殿、安国殿、圓光大師堂、光摂殿、鐘楼、経蔵、慈雲閣等の堂宇が、一万六千坪の境内に立ち並んでいます。